Encontro Nacional – é bienal, onde define as grandes linhas de atuação e organização da entidade e bandeiras de lutas O ultimo Encontro foi realizado em 2008 no mês de Maio, no Estado da Bahia.

Plenária nos Estados – onde define sobre o plano de lutas e atividades estaduais.

Coordenação Nacional – formada por 2 representantes de cada Estado, eleitos localmente, reúne-se a cada 4 meses para planejar, articular, deliberar, autorizar gastos, dar linha política, definir a agenda nacional e as posições da entidade em temas da conjuntura e pode representar a entidade. Alem disso, avalia a organização da atuação do movimento em nível nacional.

Coordenação Executiva – formada por 7 coordenadores eleitos na Coordenação, reúne-se a cada 2 meses (nos dias anteriores a reunião da Coordenação nos meses coincidentes) e é responsável por monitorar, encaminhar, executar, realizar gastos, fazer projetos e convênios, prestar contas, definir critérios para a atuação da entidade.

Secretaria Executiva – responsável pelos encaminhamentos da Entidade.A UNMP tem uma sede – alugada – onde funciona a secretaria executiva da entidade, responsável pela disseminação de informação, documentação e logística. A implantação da sede possibilitou uma melhor organização da entidade e a constituição de um local de referência para movimentos populares, estudantes, técnicos da área que buscam informações, realizam reuniões de comissões em seu espaço.

A UNMP é filiada à Central de Movimentos Populares, ao Forum Nacional da Reforma Urbana e à Coordenação dos Movimentos Sociais. Em nível internacional, é filiada à Secretaria Latino-Americana de la Vivienda Popular e à Coalizão Internacional do Habitat.